A Comissão Europeia é a responsável máxima pela execução do Programa Erasmus+. Gere o orçamento e define as prioridades, as metas e os critérios do Programa numa base contínua. Além disso, orienta e monitoriza a execução geral, o seguimento e a avaliação do Programa a nível europeu. A Comissão Europeia assume ainda total responsabilidade pela supervisão e coordenação das estruturas incumbidas da execução do Programa a nível nacional.

No âmbito do Programa há dois tipos de candidaturas, as candidaturas às Agências Nacionais e as candidaturas centralizadas à Agência Executiva.

Para as candidaturas às agências nacionais, as regras estão definidas no Guia do Programa, bem como prazos de candidatura.

Para as candidaturas centralizadas, algumas encontram-se já definidas no Guia do Programa, mas a Agência Executiva pode também, durante cada ano, lançar convites específicos à apresentação de propostas relacionados com algumas ações não abrangidas pelo Guia.

A responsabilidade da gestão da verba é da entidade coordenadora. No entanto, deve ser estabelecido um acordo interno entre as organizações que participam no projeto, por forma a definirem as responsabilidades de cada uma e a forma de distribuição da subvenção. Devem guardar todos os documentos referentes a pagamentos ou transferência de verbas para os parceiros como forma de comprovar a sua realização.

A execução do Programa Erasmus+ é levada a cabo principalmente por gestão indireta, ou seja, a Comissão Europeia atribui tarefas de execução orçamental às agências nacionais; o objetivo desta abordagem é aproximar o Programa Erasmus+ tanto quanto possível dos seus beneficiários e adaptá-lo à diversidade de sistemas nacionais de ensino, de formação e de juventude. Para o efeito, cada Estado-Membro da UE ou país terceiro associado ao Programa nomeou uma ou mais agências nacionais (para obter os respetivos contactos, consultar o seguinte site: https://erasmus-plus.ec.europa.eu/pt-pt/agencias-nacionais. As agências nacionais promovem e executam o Programa a nível nacional e atuam como elo de ligação entre a Comissão Europeia e as organizações participantes a nível local, regional e nacional.